Los primeros jesuitas llegaron a Chile provenientes de Perú en 1593. Aquí se dedicaron principalmente a realizar misiones y  labores educativas hasta que, en 1767, fueron expulsados por el rey Carlos III de España. Seis años después, el Papa Clemente XIV suprimió la Compañía de Jesús. Había en ese momento 355 jesuitas en Chile, quienes salieron pacíficamente y se fueron a vivir a la ciudad italiana de Imola.

El 7 de agosto de 1814, el papa Pío VII restableció la Compañía de Jesús en la Iglesia Universal y, 30 años después, llegaron los primeros ocho jesuitas a nuestro país. El Gobierno de Chile fue reticente e incluso expulsó a miembros de la Compañía de Jesús en sus primeros años de vida independiente. No obstante, en 1848 la Compañía volvió al país para quedarse.

Durante el siglo XIX, se abrió el Colegio y el Templo San Ignacio en Santiago. En Puerto Montt se abrió una casa jesuita y la Escuela San José, antecesora del Colegio San Francisco Javier. También se hicieron misiones en Puerto Octay y Puerto Varas y se abrieron casas en Valparaíso, Concepción y Santiago, donde además se creó un Noviciado.

La Compañía creció fuertemente durante el siglo XX, constituyéndose como provincia independiente en 1958. Durante la segunda mitad de ese siglo, la orden fue influida fuertemente por las encíclicas sociales y por el Concilio Vaticano II, además de la obra y especial carisma del padre Alberto Hurtado, santificado en 2005.

En la actualidad, la Provincia Chilena de la Compañía de Jesús la conforman alrededor de 180 jesuitas que sirven en Arica, Iquique, Antofagasta, Copiapó, Valparaíso, Santiago, Padre Hurtado, Melipilla, Concepción, Tirúa, Osorno y Puerto Montt. Todos ellos continúan la histórica labor social y educativa de la Compañía a través de sus diversas obras.