Desde 1958, el territorio de Chile se convirtió en una Provincia independiente de la Compañía de Jesús. Actualmente, su administración es encabezada por el Padre Provincial, Gabriel Roblero Cum SJ, quien fue nombrado por el Padre General en septiembre de 2019.

Para el ejercicio de su gobierno, el Provincial cuenta directamente con el apoyo del Padre Socio (Secretario de la Compañía de Jesús en Chile y asistente ejecutivo del Provincial) y del Administrador Provincial, quien, junto a su equipo, vela por la administración de recursos.

El Provincial cuenta también con un consejo de cuatro jesuitas, que recibe el nombre de Consulta de Provincia, que aconseja al Provincial en todo lo que quiera someter a discusión y le ayuda a dirimir asuntos importantes de la Provincia. Para el trabajo más directo vinculado a las obras y a las comunidades jesuitas, colaboran también junto al Provincial los delegados de las áreas apostólicas, los Superiores locales de comunidades y los jefes de obra.

Las principales áreas de trabajo de la Compañía, son las siguientes: Apostolado Social, Espiritualidad, Formación, Jóvenes, Vocaciones y Colaboración con laicos. Para la coordinación de estas áreas y su presencia en las distintas ciudades donde la Compañía se encuentra existe la Oficina de Planificación y de Seguimiento Apostólico (OPSA) que, además, vela por la implementación y la evaluación constante del Plan Apostólico Provincial.

Los Provinciales se reúnen periódicamente en instancias regionales, llamadas Conferencias de Provinciales. La Provincia de Chile pertenece a la Conferencia de Provinciales de América Latina (CPAL). En esta instancia, se comparte el trabajo de las respectivas Provincias, se evalúan las potenciales colaboraciones, se discuten las líneas de trabajo común y se toman decisiones sobre temas puntuales de la región.